BL21-DE3, BL21-DE3-RIL

BL21은 Lon, OmpT protease가 없는 strain으로 외부 단백질을 과량발현 시킬 때 많이 사용한다.

BL21-DE3는 람다 프로파지 (prophage)를 가지고 있는 것인데 이 람다파지에 IPTG로 induction할 수 있는 T7 RNA polymerase가 들어 있다.

그래서 T7 promoter로 원하는 단백질을 induction할 때 좋다.

 

BL21-DE3-RIL에서 RIL은 tRNA를 말합니다. 즉 R (Arg), I (Ile), L (Leu), 이 세가지 아미노산에 대한 tRNA 유전자 (argU, ileY, ileW 유전자)를 가지고 있는 strain을 말한다.

이것 말고도 BL21-DE3-RP도 있는데 이것은 argU와 proL tRNA 유전자를 가지고 있는 strain이다

이러한 tRNA를 쓰는 이유는...

내가 발현하고자 하는 유전자의 genetic codon의 패턴과 실제 대장균에서 주로 만들어 지는 tRNA의 종류가 틀리기 때문이다.즉 codon usage가 다르기 때문에 일어난다.

E.coli에서는 많이 사용하지 않는 codon의 경우 여기에 해당하는 tRNA는 양이 적게 되기 때문에 단백질에 따라서는 이러한 tRNA를 다 소비해 버려 많은 단백질을 만들기 어렵게 됩니다. 물론 E.coli의 성장에도 좋지 않다.

특히 Arg의 tRNA 중 AGA, AGG를 가진 것이 양이 적다고 한다.

그래서 이러한 모자라는 tRNA를 같이 많이 발현시켜 줌으로써 원하는 단백질을 대장균에서 많이 얻을 수 있게된다.